Human calicivirus
Typing tool

Updated polymerase (RdRp) genotypes

Strain name GenBank Previous Updated
1 GI/Hu/US/1968/GI.P1/Norwalk  M87661   GI.P1   GI.P1 
2 GI/Hu/GB/1991/GI.P2/Southampton  L07418   GI.P2   GI.P2 
3 GI/Hu/US/1998/GI.P3/VA98115  AY038598   GI.P3   GI.P3 
4 GI/Hu/JP/1987/GI.P4/Chiba 407  AB042808   GI.P4   GI.P4 
5 GI/Hu//Hu/2013/GI.P5/Siklos-HUN5407  KJ402295   GI.P5   GI.P5 
6 GI/Hu/DE/1997/GI.P6/BS5(Hesse)  AF093797   GI.P6   GI.P6 
7 GI/Hu/US/2011/GI.P7/CS5567  KX907729   GI.P7   GI.P7 
8 GI/Hu/JP/2007/GI.P8/Nagoya  KJ196298   GI.P8   GI.P8 
9 GI/Hu/CH/2012/GI.P9/CAIQ12110628  KF586507   GI.P9   GI.P9 
10 GI/Hu/SA/1990/GI.P10/DesertShield  U04469   GI.Pa   GI.P10 
11 GI/Hu/CH/2007GI.P11/Beijing53997  GQ856463   GI.Pb   GI.P11 
12 GI/Hu/JP/2000/GI.P12/SzUG1  AB039774   GI.Pc   GI.P12 
13 GI/Hu/FR/2003/GI.P13/Vesoul576  EF529738   GI.Pd   GI.P13 
14 GI/Hu/JP/1979/GI.P14/Otofuke  AB187514   GI.Pf   GI.P14 
15 GI/Hu/JP/2002/GI.PNA1/WUG1  AB081723   GI.Pb   GI.PNA1 
16 GI/Hu/BD/2011/GI.PNA2/Dhaka1882  MH130046   -   GI.PNA2 
17 GI/Hu/IN/2007/GI.PNA3/V1707  AB447414   -   GI.PNA3 
18 GI/Hu/JP/1998/GI.PNA4/No20-Saitama-98-17  LC342057   -   GI.PNA4 
19 GII/Hu/US/1971/GII.P1/Hawaii  U07611   GII.P1   GII.P1 
20 GII/Hu/GB/1994/GII.P2/Melksham  X81879   GII.P2   GII.P2 
21 GII/Hu/CA/1991/GII.P3/Toronto  U02030   GII.P3   GII.P3 
22 GII/Hu/GB/1993/GII.P4/Bristol  X76716   GII.P4   GII.P4 
23 GII/Hu/HU/1999/GII.P5/MOH  AF397156   GII.P5   GII.P5 
24 GII/Hu/JP/2002/GII.P6/Saitama U16  AB039778   GII.P6   GII.P6 
25 GII/Hu/JP/2002/GII.P8/Saitama U25  AB039780   GII.P8   GII.P8 
26 GII/Po/JP/2003/GII.P11/swine43  AB126320   GII.P11   GII.P11 
27 GII/Hu/JP/2005/GII.P12/Sakai/04-179  AB220922   GII.P12   GII.P12 
28 GII/Hu/FR/2004/GII.P13/Briancon870  EF529741   GII.P13   GII.P13 
29 GII/Hu/US/1999/GII.P15/Sapporo/HK299  KJ196290   GII.P15   GII.P15 
30 GII/Hu/DE/2000/GII.P16/Neustrelitz260  AY772730   GII.P16   GII.P16 
31 GII/Hu/JP/2014/GII.P17/Kawasaki323  AB983218   GII.P17   GII.P17 
32 GII/Po/US/2003/GII.P18/OH-QW101  AY823304   GII.P18   GII.P18 
33 GII/Hu/GE/2005/GII.P20/Leverkusen267  EU424333   GII.P20   GII.P20 
34 GII/Hu/FR/2004/GII.P21/Pont de Roide673  AY682549   GII.P21   GII.P21 
35 GII/Hu/JP/2003/GII.P22/Yuri  AB083780   GII.P22   GII.P22 
36 GII/Hu/PE/2010/GII.P23/Loreto1847  KT290889   -   GII.P23 
37 GII/Hu/PE/2013/GII.P24/Loreto1972  KY225989   -   GII.P24 
38 GII/Hu/BD/2012/GII.P25/Dhaka1928  MG495083   -   GII.P25 
39 GII/Hu/NI/2005/GII.P26/Leon4509  KU306738   -   GII.P26 
40 GII/Hu/PE/2012/GII.P27/Loreto0959  MG495077   -   GII.P27 
41 GVIII/Hu/JP/2011/GII.P28/Gira2HS  KJ196291   -   GII.P28 
42 GII/Hu/JP/2004/GII.P29/SN2000JA  AB190457   GII.Pa   GII.P29 
43 GII/Hu/US/1976/GII.P30/SnowMountain  AY134748   GII.Pc   GII.P30 
44 GII/Hu/JP/2007/GII.P31/OC07138  AB434770   GII.Pe   GII.P31 
45 GII/Hu/FR/1999/GII.P32/S63  AY682550   GII.Pf   GII.P32 
46 GII/Hu/AU/2008/GII.P33/NSW199U  GQ845370   GII.Pg   GII.P33 
47 GII/Hu/JP/1997/GII.P34/OC97007  AB089882   GII.Ph   GII.P34 
48 GII/Hu/GR/1997/GII.P35/E3  AY682552   GII.Pj   GII.P35 
49 GII/Hu/JP/1996/GII.P36/OC96065  AF315813   GII.Pk   GII.P36 
50 GII/Hu/IN/2006/GII.P37/PunePC24  EU921353   GII.Pm   GII.P37 
51 GII/Hu/CN/2007/GII.P38/Beijing53931  GQ856469   GII.Pn   GII.P38 
52 GII/Hu/US/1974/GII.P39/CHDC5191  FJ537134   GII.P1   GII.P39 
53 GII/Hu/JP/2004/GII.P40/OsakaNI  DQ366347   GII.P22   GII.P40 
54 GII/Hu/AUS/1983/GII.P41/GoulburnValleyG5175B  DQ379714   GII.Pg   GII.P41 
55 GII/Hu/PE/2013/GII.PNA1/Loreto1257  MG495079   GII.PNA2   GII.PNA1 
56 GII/Hu/PE/2008/GII.PNA2/PNV06929  MG706448   GII.PNA4   GII.PNA2 
57 GII/Hu/US/1974/GII.PNA3/CHDC2094  FJ537135   GII.P1   GII.PNA3 
58 GII/Po/JP/1997/GII.PNA4/Sw918  AB074893   GII.P11   GII.PNA4 
59 GII/Hu/BD/2012/GII.PNA5/Dhaka1940  MG495082   GII.P22   GII.PNA5 
60 GII/Hu/AR/2015/GII.PNA6/Arg13099  KX061540   -   GII.PNA6 
61 GII/Hu/JP/1999/GII.PNA7/No35-Saitama-99-1  LC342059   -   GII.PNA7 
62 GII/Hu/ZA/2013/GII.PNA8/Empangeni_10403  KR904229   -   GII.PNA8 
63 GII/Hu/AR/2019/GII.PNA9/Arg15813  MK733205   -   GII.PNA9 
64 GIII/Bo/DE/1980/GIII.P1/Jena  AJ011099   GIII.P1   GIII.P1 
65 GIII/Bo/UK/1976/GIII.P2/Newbury2  AF097917   GIII.P2   GIII.P2 
66 GIV/Hu/US/1998/GIV.P1|FtLauderdale-560  AF414426   GIV.P1   GIV.P1 
67 GIV/Hu/US/2016/GIV.PNA1/WI7002  KX907728   -   GIV.PNA1 
68 GV/Mu/USA/2002/GV.P1/MNV1  AY228235   GV.P1   GV.P1 
69 GV/Rn/HK/2011/GV.P2/HKU-CT2  JX486101   GV.P2   GV.P2 
70 GVI/Ca/IT/2007/GVI.P1/Bari-91  FJ875027   GVI.P1   GVI.P1 
71 GVI/Ca/PT/2007/GVI.P2/C33-Viseu  GQ443611   GVI.P2   GVI.P2 
72 GVII/Ca/HK/2007/GVII.P1/HKU_Ca026F  FJ692500   GVII.P1   GVII.P1 
73 GX/Ch/CN/2010/GX.P1/|BtRs-CalV-YN2010  KJ790198   -   GX.P1 
74 GNA1/Pp/NL/2012/GNA1.P1/120906  KP987888   GI   GNA1.P1 
75 GNA2/Csl/HK/2008/GNA2.P1/PF080916-2  MG572715   -   GNA2.P1 

Examples of dual-typing designation

GI.genotype[P-type] or GII. genotype[P-type], first listing the capsid genotype followed by the P-type between brackets. For those strains where VP1 and RdRp sequences segregate into different genogroups the proposed designations are Genogroup.genotype[Pgroup.P-type] (Table 2 from Chhabra et al).

 Previous  New
GI.P6-GI.6  GI.6[P6]
GI.Pd-GI.3  GI.3[P13]
GII.P1-GII.1  GII.1[P1]
GII.P12-GII.3  GII.3[P12]
GII.Pe-GII.4  GII.4 Sydney[P31]
GII.P16-GII.4 Sydney  GII.4 Sydney[P16]
GII.P4 New Orleans-GII.4 Sydney  GII.4 Sydney[P4 New Orleans]
GII.Pe-GII.17  GII.17[P31]
GII.P15-GII.15  GIX.1[GII.P15]
GVI.P1-GIV.2  GIV.2[GVI.P1]